algunas moléculas complejas
usando el applet de Java "Chemis3D", de Didier Collomb
Esta serie tiene como objetivo facilitar la visualización de las estructuras de algunas moléculas complejas. Quienes cuenten con datos sobre las estructuras de otras moléculas y quieran compartirlas por este medio pueden enviarnos el material a la dirección: galeria@luventicus.org. A cada figura se le asigna una página donde aparece el nombre de quien hizo la contribución. Los formatos apropiados para mostrar estructuras con este applet son: PDB (Brookhaven Protein Data Bank); MOL (matriz Z) y XYZ (coordenadas x,y,z). De todas maneras, nosotros contamos con software propio para hacer la conversión de estructuras en otros formatos: ZMT (matriz Z), SKC (MDL Sketch), CIF (archivos de información cristalográfica), GJF (archivo de trabajo de Gaussian), MOP (archivo de MOPAC), ALC (archivo de Alchemy), etc.
Para hacer girar la figura se debe llevar el cursor sobre la misma. Si se lo desplaza manteniendo presionado el botón izquierdo del ratón, la figura rota en el sentido deseado. También se puede "impulsar" la estructura para que gire a mayor o menor velocidad.
Haciendo clic con el botón derecho, se accede a un menú de opciones, las cuales se describen a continuación.
(1a) Espín: Si se ha elegido esta opción, la molécula gira. Por defecto la molécula puede girar o no.
(1b) Animación: Si se elige esta opción se verá una película (serie de imágenes). En caso de que el archivo contenga una sola estructura se verá parpadear esa imagen (película de un solo fotograma).
(2a) Mostrar como: Permite elegir la forma en que la molécula será presentada (armazón de alambre, estructura de varillas, bolas y varillas, esferas, o espinazo).
(2b) Opciones: Son varias (mostrar los átomos de hidrógeno, mostrar los rótulos de los átomos, iluminación, movimiento rápido y volver atrás).
(2c) Color: Permite elegir la manera en que aparecerán coloreados los átomos (átomo CPK, residuo, proporcionado, grupo, cadena, de acuerdo a la temperatura o no coloreados).
(3a) Elegir: Se refiere a la característica que aparece indicada en la imagen (nombre de un átomo, ángulo que forman dos uniones, torsión o ángulo diedro, o resaltar un átomo).
(3b) Ratón: Permite elegir la función del ratón (trasladar, acercar/alejar, rotar y girar en el plano XY).
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